一、定義上的區(qū)別
1、轉(zhuǎn)廠的定義：深加工結(jié)轉(zhuǎn)（轉(zhuǎn)廠）指的是在中國(guó)內(nèi)地由合資企業(yè)或者外資加工企業(yè)生產(chǎn)加工的出口用產(chǎn)品，轉(zhuǎn)向另一個(gè)在內(nèi)地的合資企業(yè)或者外資加工企業(yè)進(jìn)行組裝、加工。從商品流通來(lái)看，‘轉(zhuǎn)廠’在國(guó)內(nèi)進(jìn)行，屬于國(guó)內(nèi)交易。但是，因?yàn)樯a(chǎn)加工的產(chǎn)品是出口產(chǎn)品，而且交易雙方大多是外資或者合資企業(yè)，結(jié)算都是在境外用外匯進(jìn)行，所以‘轉(zhuǎn)廠’被視為是加工貿(mào)易的一環(huán)。
2、保稅區(qū)轉(zhuǎn)廠：國(guó)內(nèi)的一般貿(mào)易的企業(yè)（包括有進(jìn)出口權(quán)或沒(méi)有進(jìn)出口權(quán)的）如果希望把產(chǎn)品轉(zhuǎn)廠給加工貿(mào)易企業(yè)（來(lái)料加工或進(jìn)料加工企業(yè)），那么你就需要用到——保稅區(qū)轉(zhuǎn)廠。

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二、流程的區(qū)別1、深加工結(jié)轉(zhuǎn)流程：      
 備案（電子申請(qǐng)表備案/紙質(zhì)申請(qǐng)表備案）——→報(bào)關(guān)——→ 付款
2、保稅區(qū)轉(zhuǎn)廠的流程：1）國(guó)內(nèi)沒(méi)有進(jìn)出口權(quán)的企業(yè)通過(guò)買(mǎi)單出口到保稅區(qū)(兜圈退稅)/物流園（進(jìn)園稅），然后國(guó)內(nèi)的加工貿(mào)易型企業(yè)利用手冊(cè)（清關(guān)/轉(zhuǎn)關(guān)）進(jìn)口；2）國(guó)內(nèi)一般貿(mào)易企業(yè)一般貿(mào)易出口到保稅區(qū)(兜圈退稅)/物流園（進(jìn)園稅），然后國(guó)內(nèi)的加工貿(mào)易型企業(yè)利用手冊(cè)（清關(guān)/轉(zhuǎn)關(guān)）進(jìn)口；3）國(guó)內(nèi)加工貿(mào)易企業(yè)手冊(cè)出口核銷(xiāo)到保稅區(qū)(兜圈退稅)/物流園（進(jìn)園稅），然后國(guó)內(nèi)的加工貿(mào)易型企業(yè)利用手冊(cè)（清關(guān)/轉(zhuǎn)關(guān)）進(jìn)口；
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三、加工貿(mào)易型企業(yè)利用保稅區(qū)轉(zhuǎn)廠的好處1、 加工貿(mào)易企業(yè)利用保稅區(qū)轉(zhuǎn)廠可以達(dá)到退稅目的（如果做直接轉(zhuǎn)廠，企業(yè)不能夠向稅務(wù)局申請(qǐng)出口退稅）2、 可以解決報(bào)關(guān)資料不附（雙方商品編碼不相同）的問(wèn)題；3、效率快：進(jìn)出福保以及手續(xù)辦理只需半天的時(shí)間。